El poblament del Baztan és molt antic. D'època paleolítica són les coves d'Alkurdi i Berroberría. També existeixen en la vall dòlmens com el d'Oiza, o restes romanes com el pont d'Oharriz. En la edat mitjana, roman dintre del Regne de Pamplona, i el rei Sanç III el Gran, l'instituí com Senyoriu. Segons es conta, Juan de Goyeneche (1685) Sanç Abarca va concedir a la vall les seves armes "un joc de agedrez escaqueado de blanc i negre", pel valor demostrat pels baztaneses en guerra amb el Regne de França. El 22 de maig de 1397, Carles III el Noble, va declarar que els habitants de la vall "siguin mantinguts en lur condicions de fidalguía i infançonía". Per aquesta condició de gentilhomes, tots els veïns poden usar el blasó esmentat. Baztán va ser escenari de nombroses accions bèl·liques durant la Guerra de la Convenció, a fins del segle XVIII, la Guerra de la Independència i les Guerres Carlines. La derrota del bàndol carlista en Peña Plata, després de la invasió de la vall per les tropes del general Martínez Campos, va anar el final de l'última d'elles. De la Vall de Baztán es van anar separant al llarg del segle XVII els llocs de Zugarramurdi, Urdax i Amaiur, convertits en viles. Amaiur es va reintegrar a la vall en 1969.
.svg){kind=link}
